İmmünhistokimyasal tekniklerin gelişmesiyle birlikte in situ hibridizasyon (ISH) da bir moleküler biyoloji tekniği olarak ortaya çıktı. ISH tekniğinin ortaya çıkmasından neredeyse hemen sonra bu yeni tekniğin medikal tanı alanındaki potansiyel uygulamaları araştırılmaya başlandı.

Baştan beri ISH tekniği, insanın yanı sıra hayvan populasyonlarında da mikrobiyal enfeksiyonların (erken) tanınması ve ayırt edilmesinde tercih edilen bir yöntem olarak bilinmiştir. Ayrıca, in situ gen ekspresyonundaki değişikliklerin doğrudan analiz edilebilmesi, patolojik ve genetik süreçlerin değerlendirilmesine yardımcı olur.

Moleküler biyoloji alanındaki bilgi birikimi ve teknik başarılar sayesinde nükleik asit hibridizasyon tekniklerinin diagnostik olarak uygulanması önemli ölçüde artış göstermiştir. Gen parçalarının tanımlanabilmesi ve izole edilebilmesi, nükleik asit dizilerinin sentezlenebilmesi veya bunların mikro-organizmalara sentezletilebilmesi buna katkıda bulunmuştur.

ISH tekniğinin avantajları:

Dokulardaki/hücrelerdeki enfeksiyöz ajanların yerlerinin belirlenmesi ve çözelti içinde kantitatif ölçümleri tanı koymada tamamlayıcı yöntemler olarak kullanılmaktadır. Örneğin ELISA. DNA problu immünhistokimya, PCR ve in situ hibridizasyon tüm dünyada yaygın olarak kullanılmaktadır. ISH’un konvasiyonel diagnostik yöntemlerden üstünlüğü, histoloji ve sitoloji örneklerinde çok önemli morfolojik ayrıntıları koruyarak spesifik DNA veya RNA moleküllerini doğrudan tanıyabilmesidir.

PCR ile karşılaştırırsak, ISH histomorfolojik ayrıntılar beraberinde moleküler bilgi sağlar.

İmmünhistokimya ile karşılaştırırsak, ISH formalin-fikse/parafin-gömülü doku kesitlerinde güvenilir ve hassas bir yöntem olmakla birlikte arşiv örnekleri üzerinde geriye dönük çalışmaya da olanak sağlar. ISH antijen ekspresyonuna bağlı değildir, spesifik DNA/RNA dizilerini tespit eden yüksek spesifiteye sahip bir tekniktir; antikorlar her zaman ikinci basamak ürünlerdir